满世界找科研资料,不如先把这13个数据库和工具软件学好

子都曰了,工欲善其事,必先利其器。要知道就在科研新人感到茫然无措时,聪明者早就抢先一步,借助一些免费的数据库和可事半功倍的科研软件顺利完成了课题研究。

然而,新人初接触科研,往往会被琳琅满目的科研软件给闪花了眼,深陷于找资料的汪洋大海中而无法自拔。毕竟,科研这一行的软件多如牛毛,又岂能样样精通?

而为了帮助大家更好地解决科研上的“痛点”,解螺旋有针对性挑选了14款适合新人的科研神兵器,馈送亲们,并贴心附上傻瓜版使用攻略,能快速点亮大家的科研技能点,实打实的让各位学员从零基础进化到“玩的溜”。(公号内回复“单元课”,可下载单元课所有课程的PPT)

01.Oncomine数据库使用教程

Oncomine作为肿瘤领域中具有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息的数据库,利于发现新的生物标记物或新的治疗靶点,是科研者研究肿瘤的一把利器。

本课程展示了该数据库的各项功能,包括注册、检索、分析等的操作步骤,通过实例图文并茂演示了基因差异表达分析、基因表达与临床相关性以及多基因共表达分析三种常见应用的每一步操作,并对涉及的知识进行注释,巨细无遗,堪称傻瓜式教程。

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02.临床相关性研究经典统计分析

临床资料——医生做科研的独有优势,只要能利用好,不进实验室同样也能发文章。所以本课程以临床样本研究为例,从中提炼出经典的“三表一图”:基线表、单因素表、多因素表、以及暴露因素统计图或者生存曲线图,并以文献实例数据解读拆解“三表一图”的具体步骤和临床设计套路,真正做到让前人的经验“可复制化”。

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03.Graphpad Prism 7作图与统计

做科研、写论文,最后的实验结果必然要经过数据统计,而在呈现的时候又需进行统计图的制作。现如今,Graphpad在一众数据统计软件中已呈独领风骚之势。如若不能熟练操作此软件,又怎能和科研愉快的玩耍呢?

因而本期课程分为两期,分别针对数据作图和统计两方面,从零基础有重点教授,可让使用者短时间内掌握多种数据统计图(柱状图、折线图、生存曲线图和热图)的制作方法以及数据分析方法(独立/配对t检验、单/双因素方差分析,生存曲线的比较,以及线性回归分析)。

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04.KEGG信号通路数据库使用

KEGG作为一个综合基因组、化学和系统功能信息的庞大数据库,常用于功能基因和代谢研究中通路的检索和分析。它有别于其他数据库的一个显著特点就是具有强大的图形功能,可利用直观图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系,简单明了。

本课程则将KEGG的精华内容,如KEGG数据库的界面介绍、一般使用操作、核心数据库pathway的使用、KEGG Mapper信号通路分析和匹配、高通量数据的KEGG分析预处理等,提炼浓缩出来,依然是分解操作步骤的图文并茂傻瓜式教程,一步步跟着做就可以了。

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05.TCGA肿瘤数据库使用教程

TCGA数据库中收录了超过11000位患者、33种肿瘤及配对正常组织的高通量芯片或测序数据,包括10种罕见肿瘤,对肿瘤研究者来说可谓是巨大宝库。

为了让使用者全方位360度玩转TCGA数据库,本课程总结了TCGA数据库的5种常见操作:1)分析肿瘤中基因突变的情况,找到有研究价值的致癌突变;2)比对肿瘤和正常组织,寻找异常的基因重组现象;3)分析肿瘤中差异基因的表达,找到有研究价值的基因;4)分析基因变异情况与预后的关系,探索研究或临床价值;5)通过比较基因的表达关系,分析肿瘤中基因的调控网络。学员们即学即会。

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06.miRNA靶基因预测数据库使用教程

江湖传言,miRNA似已过时。其实,这并非事实,而miRNA作为科研新手之友,实称当之无愧。因为miRNA作用于靶基因的3’-UTR引起下游靶基因表达沉默是所有直接作用机制中最简单的套路。

所以如何预测miRNA靶基因或者已知基因反向推测调控的miRNA就是miRNA研究的一个重难点。但如果你已经学过了本单元课,可充分掌握TargetScan数据库、RNAhybrid数据库以及starBase数据的详细使用方法,那么从此世间不再有难做的miRNA靶基因机制。

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07.lncRNA信息检索数据库教程

现阶段,lncRNA研究可谓是如日中天,科研者如若不想与心仪的lncRNA失之交臂,就需要全方位了解lncRNA的具体信息,尽量做到对其知根知底。

为了让lncRNA的所有信息一览无遗,本课程先从LncRNA的最基本常识讲起,如LncRNA的特点、命名规则、功能以及常用数据库等,夯实lncRNA的研究基础;再详细介绍NCBI-Gene、Ensembl、NONCODE或LNCipedia这四大数据库对lncRNA的序列大小、染色体定位、其表达的时间/组织特异性等信息的分析过程,学员们可快速抓住lncRNA研究主线。

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08.GeneCards数据库使用教程

要想解读基因这本天书,需要对基因有着全方位的了解,如该基因是否是癌症相关基因、表达水平如何、其产物有哪些互作蛋白、参与哪些信号通路、临床意义等。

而Genecards数据库作为检索人类基因信息的最优解,着实是打开基因功能研究大门的绝佳钥匙。

本课程则从Genecards数据库最基本常识、到具体的信息检索实操方式,再到数据的分析挖掘,都会一一进行详细阐述,还有彩蛋分享教大家用IBS软件绘制基因结构图,可让学员快速掌握各个模块,以便对基因信息了如指掌、胸有成竹。

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09.JASPAR数据库使用教程

JASPAR数据库作为一个更新及时、应用广且收录转录因子数目众多的免费上游转录因子预测数据库,往往用来预测转录因子与序列的结合区域,拿下它无疑是在科研路上助了一把力。可现实往往是当你想要开启这扇门的时候,却发现找不到钥匙。

而本课程就手把手帮你拿到这把钥匙,从转录因子的结合位点、常用预测网站到JASPAR数据库的详细介绍,并通过实例演示JASPAR数据库预测基因的启动子、转录因子和基因与转录因子的结合位点,以及转录因子预测结果的优化策略,让学员们亲身体验一下该数据库的高玩体验。

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10.GEO数据库使用教程

大数据的时代背景,基因数据亦呈井喷之势。而GEO作为世界上最大的免费的储存基因表达的数据库,其所包含的数据还有很多没有被破解,只是以原始资料存在,对科研者而言,仍是一个有待挖掘的深海。

为了让大家在这片深海挖到独属于自己的一份珍宝,本课程就手把手教大家GEO数据库正确的挖掘姿势:在详细讲解GEO芯片数据检索的过程中,重点介绍了NCBI的Entrez系统进行GEO Profiles和GEO DataSets两种模式的检索,以及GEO2R对归一化芯片的在线分析和原始数据的下载、解读,让你真正学有所用。

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11.R语言入门教程

R语言作为统计学领域的当红小生,之所以让有些学员退避三舍,就是因为其复杂繁琐的代码总是让人分外头疼。

针对此,本课程汇总了软件安装、基本概念和语法、操作技巧和注意事项等基础知识,供初入门的小伙们随时查阅。且秉承着傻瓜式教学的理念,该课程把每一步R语言学习过程中的问题,均转化成细致的说明,可避免学员们走弯路。

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12.Endnote X8使用教程

对科研工作者而言,文献管理的好不好,是个判断他工作素养很重要的一个指标。Endnote作为一款经典的文献管理软件,以其功能强大、文献兼容性佳,成为“文献扫地僧”般的存在。

基于此,本课程详细介绍了Endnote的基本操作,包括其主要界面介绍、如何打造文献数据库、文献数据库的管理、文献编排和参考文献格式设置,可帮助各位学员们高效准确的搞定文献搜索、管理、排版等多种需求。

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13.投稿系统及流程

众所周知,写文章不易,每篇新鲜出炉的文章都凝聚着作者的辛勤汗水。正因如此,投稿时,对期刊的选择总是慎之又慎,总是希望能找到一个性价比高又适合的期刊,既不会让期刊认为自己高攀不上,也不至于贱卖了自己的文章。

而这就需要科研者对每个期刊特点了如指掌,为此本课程以BBRC期刊为例,详细讲述了投稿流程的方方面面,如投稿指南、投稿注册与登录、文章提交步骤和提交后事宜等等。此外,课程还涉及了一些容易被人忽视的细节,学员们可以举一反三让心仪的期刊对自己的文章青睐有加。

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放眼望去,近几年,很多人都有这样一种感受,那就是现在的科研要求越来越高,论文发表越来越难

这主要是因为当前竞争越来越大,优质科研成果及高水平论文越来越多,学术市场水涨船高。现在,要想在学术生涯获得良好发展,手握高分论文已经成了通行证。这不仅是对科研人员,对硕博生们也是如此。对于硕博生们来说,优质的论文更是获到学术自信,确保顺利毕业、获得满意工作的决定因素,根本无法忽视。

但是说到这里,很多人可能就抱怨了:现在发论文,真的很难很难啊!

所以,我很想把一个优质的课程推荐给大家!一个可能改变所有医学生一生的课程

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